卫所，是明朝使用的一种军队编制制度，为明太祖所创立。军队编制实行“卫所制”。军队组织有卫、所两级。一般情况下：府设卫，州设千户所。卫设指挥使，统兵士5600名。卫下有千户所(1120名士兵)，千户所下设百户所(112名士兵)，百户所设总旗2个(每总旗辖50名)士兵、小旗10个(每小旗辖10名士兵)。各卫所归各指挥使司的都指挥使管辖，各都指挥使又归中央五军都督府管辖，同时隶属于兵部，有事调发从征，无事则还归卫所。此法的实行，须有一套能保障军队数目的户籍制度来配合，方能维持卫所制的运行。此外，还有一种单独驻扎一个地方，直接归都指挥使司管辖指挥的千户所，叫做守御千户所；还有一种称为“御”(设置数量不多)的军事机构，管2到3个千户所。
兵士有军籍，世袭为军，平时屯田或驻防。遇有战争，朝廷命将，率领调自卫、所的士兵征战。军户的主要的义务，便是出一丁男赴卫所当兵，称作正军，其他的子弟称作余丁，正军赴卫所，至少要有一名余丁随行，以助其生活，由于军户负担沉重，故多给有田地，且正军免全部差役，而在营余丁及原籍下的一丁也可免差役，以保障其生活并供给正军之生活。一般正军身死，即以户中壮丁补充。军丁的分发地点，多以距离原籍地遥远且分散的方式，以防止逃兵，但长途的跋涉加上水土不服，给役卒带来不少痛苦。正军服役于卫所，必须带妻同行，以安定生活并生儿育女，每一军人有房屋、田地，每月有固定的月粮，但实际情形则常分配不足，行军时则发给口粮，衣装则须自备，武器则由国家以工匠生产。军士在营，分成守备和屯田二部分，比例不定，按时轮流，屯田固定上交粮食，以供给守备军及官吏，其目标在养兵而不耗国家财力。明中叶以后,屯田多被军官吞蚀，私役军士耕种之事，已经常发生，军士破产逃亡，徒存官署，这个目标逐渐难以达到。
嘉靖时期，边患严重，急需兵力，朝廷改采募兵制。募兵不同于卫所军，不世袭，来去相对自由。但由于募兵制破坏了早期卫守制“兵帅分离”的构想，内阁必须将兵权下放于将领，明朝无法完全掌控兵权，中央集权逐渐转变成为个别军官所拥有的势力。
卫指挥使司、千户所、百户所官员称谓及其品级：
卫有指挥使(正三品)、指挥同知(从三品)、指挥佥事(正四品)、卫镇抚(从五品)，其下属有经历(从七品)、知事(正八品)、吏目(从九品)、仓大使、副使等。千户所有正千户(正五品)、副千户(从五品)、所镇抚(从六品)，百户所有百户(正六品)、试百户（从六品）、总旗(正七品)一般由试百户充任、小旗（从七品）。